エンディング後のストーリー攻略！！

クイーンメトロイドを倒すとエンディングになり、全ての装備が使える状態で再びボトルシップを探索することになります。また、パワーボムが使えるようになっているので、今まで取れなかったアイテムを取りに行けるようになります。アダムの司令室があったところに向かうのですが、司令室の近くにあるエレベーターが使えないため、遠回りすることになります。まずはメインエレベーターがある部屋に向かいましょう。司令室の近くのエレベーターのところで行き止まりになっていて、部屋に閉じ込められますが、パワーボムで近くにある丸い球体がついたパワーボムゲートを開けると先に進めます。ただし、これは全てのパワーボムゲートに共通していえることですが、パワーボムゲートを開けるとデスバルグ星人という強敵が現れます。この敵を倒すには攻撃をセンスムーブでかわしながら、チャージビームで攻撃してダウンしたらすぐにリーサルストライクでトドメを刺すしかありません。パワーボムゲートを抜けると居住区に出ます。ここの中央のオブジェの上にエネルギーパーツがあります。取るにはオブジェの周りを走ってシャインスパークで飛び上がり、スクリューアタックでオブジェの上に乗ると取ることができます。そのまま道なりに進むとセクター2にあるセクター0への通路のところに出ます。後は、セクター2からメインエレベーターに乗ってメインセクターに向かいましょう。メインセクターに着いたら、手前の通路の途中にあるパワーボムゲートを開けて先にあるエレベーターに乗りましょう。コントロールブリッジに続く回廊では、敵が大量に出てきます。敵を全滅させると先に進めます。スクリューアタックやパワーボムを使うと、簡単に倒せます。特に最後のレドギア星人はパワーボムで一撃で倒せます。その後、先にあるナビゲーションブースでセーブして先のコントロールブリッジに向かいましょう。
VS ファントゥーン
コントロールブリッジに入って少し進むとボスのファントゥーンが出現します。大量に飛んでくる青い弾をセンスムーブでかわしながら、チャージビームで目玉を攻撃しましょう。体力がとても多いので苦戦しますが、特に戦い方を変える必要はありません。手のような敵が出現したらパワーボムで倒しましょう。ファントゥーンにもダメージを与えられます。また、床が黒くなったら要注意。暗黒柱攻撃がきます。すぐに黒い床から離れましょう。ファントゥーンの体力が残り少なくなると目玉が垂れ下がります。素早く目玉に近づいてリーサルストライクをキメるとトドメを刺すことができます。倒したら、グラップリングビームで足場に上がり、先に進みましょう。
道なりに進むとエレベーターがあるので、これに乗ります。エレベーターは途中で止まってしまいますが、パワーボムで脱出できます。あとはアダムの司令室に向かいましょう。司令室に入ると、デモシーンが流れゼロスーツサムスになります。司令室から出ると、5分の制限時間が表示されます。割れたガラスからしたに降りて、急いでサムスの宇宙船まで戻りましょう。途中の敵は無視しましょう。常に走っていれば敵の攻撃にはあまり当たりません。通路の途中で鉄格子が降りてきて道を塞がれますが、銃をチャージして撃てば開けられます。また、炎に触れるとダメージを受けるので注意しましょう。宇宙船に乗れば終了です。